1. Sekretariat
2. Bidang Perikanan Budidaya
- UPT Pengembangan Budidaya Air Payau Bangil
- UPT Pengembangan Budidaya Air Tawar Umbulan
- UPT Pengembangan Budidaya Laut Situbondo
- UPT Pengembangan Teknologi Perikanan Budidaya Kepanjen
- Instalasi Budidaya Laut Boncong
- Instalasi Budidaya Air Payau Lamongan
- Instalasi Budidaya Air Tawar Merak Urak
- Instalasi Budidaya Air Tawar Mojokerto
- Instalasi Budidaya Air Tawar Pandaan
- Instalasi Budidaya Air Tawar Prigi
- Instalasi Budidaya Air Payau Probolinggo
- Instalasi Budidaya Air Tawar Punten
3. Bidang Perikanan Tangkap
- UPT Pelabuhan Perikanan Mayangan Kota Probolinggo
- UPT Pelabuhan Perikanan Bulu Tuban
- UPT Pelabuhan Perikanan Muncar Banyuwangi
- UPT Pelabuhan Perikanan Tamperan Pacitan
- UPT Pengembangan Teknologi Penangkapan Ikan Probolinggo
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Lekok Pasuruan
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Paiton Probolinggo
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pancer Banyuwangi
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pasongsongan Sumenep
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pondokdaap Malang
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Puger Jember
4. Bidang Kelautan, Pesisir dan Pengawasan
- UPT Pelabuhan dan Konservasi Sumberdaya Perikanan dan Kelautan Bawean
5. Bidang Pengolahan dan Pemasaran Hasil Perikanan
- UPT Pengendalian dan Pengujian Mutu Hasil Perikanan Surabaya
- UPT Pengendalian dan Pengujian Mutu Hasil Perikanan Banyuwangi